Laboratoria Produktów Naftowych tworzone były w latach 70 dla potrzeb badań jakości produktów naftowych w ówczesnych Dyrekcjach Okręgowych CPN.

Obecna Pracownia Ochrony Środowiska w Nowej Wsi Wielkiej, w tych samych latach, działała jako Laboratorium Wodno-Ściekowe, a od roku 1985 przekształciła się w Laboratorium Ochrony Środowiska.

Spółka Naftobazy powstała w 1997 roku w wyniku wydzielenia paliwowych baz magazynowych z Centrali Produktów Naftowych CPN S.A. W pierwszej fazie tworzenia w dniu 1 stycznia 1997 roku, ze struktur CPN S.A. wydzielono Dyrekcję Baz Magazynowych Naftobaz, która następnie 1 lipca 1997 r. została zarejestrowana jako spółka prawa handlowego pod nazwą CPN Dyrekcja Baz Magazynowych NAFTOBAZY Sp. z o.o. z siedzibą w Warszawie. W skład Spółki weszły terenowe jednostki organizacyjne, tj. Bazy Paliw rozlokowane na terenie całego kraju. W tym samym czasie Laboratoria usytuowane przy Bazach Paliw zostały włączone w strukturę Spółki pod nazwą Laboratoria Kontroli Jakości.Ich celem była stała kontrola jakości produktów naftowych składowanych w bazach.

Laboratorium Ochrony Środowiska w Nowej Wsi Wielkiej w latach 1999 – 2004 było samodzielną jednostką organizacyjną, świadczącą usługi dla wszystkich jednostek terenowych Spółki.

W roku 2002 Laboratorium Ochrony Środowiska w Nowej Wsi Wielkiej uzyskało certyfikat akredytacji Polskiego Centrum Akredytacji nr AB 387 w zakresie badań dotyczących środowiska pracy i środowiska naturalnego. Od roku 2005 Laboratorium Ochrony Środowiska i Laboratorium Produktów Naftowych zostały połączone w jedno Laboratorium Produktów Naftowych i Ochrony Środowiska w Nowej Wsi Wielkiej. Na przełomie lat 2005 – 2006 procesowi akredytacji w Polskim Centrum Akredytacji poddawały się kolejne laboratoria Spółki:

• Laboratorium Kontroli Jakości w Koluszkach (ówczesny nr akredytacji 628),
• Laboratorium Kontroli Jakości w Woli Rzędzińskiej (ówczesny nr akredytacji 641),
• Laboratorium Kontroli Jakości w Małaszewiczach (ówczesny nr akredytacji 660),
• Laboratorium Kontroli Jakości w Emilianowie (ówczesny nr akredytacji 670),
• Laboratorium Kontroli Jakości w Kawicach (ówczesny nr akredytacji 677),
• Laboratorium Kontroli Jakości w Rejowcu Poznańskim (ówczesny nr akredytacji 686).

We wrześniu 2006 roku spółka NAFTOBAZY zmieniła nazwę na „Operator Logistyczny Paliw Płynnych” Sp. z o.o.

10 lipca 2008r. laboratoria wyodrębnione zostały z Baz Paliw jako oddzielna komórka organizacyjna „Laboratoria”.Takie usytuowanie Laboratoriów w strukturze Spółki umożliwiło wdrożenie spójnego systemu zarządzania w całym Biurze Laboratoriów. Biuro podjęło się tego zadania i w dniu 31 marca 2009 roku uzyskało przeniesienie akredytacji o numerze AB 387 na Biuro Laboratoriów.

Na przełomie listopada i grudnia 2009 r. Biuro Laboratoriów zostało poddane ocenie ponownej akredytacji przez auditorów PCA, w trakcie której rozszerzono zakres akredytacji na Laboratorium Paliw Płynnych w Boronowie, co potwierdzone zostało Certyfikatem Akredytacji Nr AB 387 z dnia 5 lutego 2010 r. Tym samym systemem akredytacji objęte zostało wszystkie osiem Laboratoriów Spółki.

W styczniu 2016 roku Laboratoria uzyskały akredytację na pobieranie próbek ze zbiorników zgodnie z wymaganiami normy PN-EN ISO 3170.

W wyniku realizacji decyzji właściciela Skarbu Państwa o przystąpieniu do połączenia w formie przejęcia Spółki OLPP przez PERN S.A., z dniem 3 stycznia 2018 r. obydwie Spółki stały się jednym podmiotem gospodarczym, jako PERN S.A.

Spółka PERN S.A. posiada trzy laboratoria ropy zlokalizowane w bazach w Adamowie, Miszewku Strzałkowskim i Gdańsku. Laboratoria w Miszewku i Adamowie utworzone zostały w 1963 roku wraz z uruchomieniem rurociągu naftowego „Przyjaźń”. Laboratoria były częścią składową baz w Adamowie i w Miszewku Strzałkowskim wykonując badania dla określenia jakości i rozliczeń przyjmowanej i wydawanej ropy naftowej. W 2006 roku w Laboratorium w Adamowie rozszerzono zakres badań ropy naftowej o dodatkowe analizy kontroli jej jakości. Natomiast w 2009 roku powstał Dział Laboratorium, w wyniku czego laboratoria w Adamowie i w Miszewku Strzałkowskim zostały wydzielone z baz i połączone w jedno „Laboratorium Ropy w Płocku”. W ramach zespołu Laboratorium Ropy w Płocku od października 2020 roku zostało uruchomione Laboratorium w Gdańsku.

W związku z potrzebą biznesową, w tym oczekiwaniami Klientów, od lutego 2020 roku w Laboratorium Ropy w Płocku – Laboratorium w Adamowie i Miszewku Strzałkowskim, wdrożono Laboratoryjny Systemem Zarządzania, a w czerwcu 2020 roku lokalizacje te zostały objęte akredytacją. Od kwietnia 2021 roku w Laboratorium w Gdańsku wdrożono Laboratoryjny System Zarządzania.

Z dniem 1 lutego 2022 roku zespół Laboratorium Ropy w Płocku składający się z trzech lokalizacji, został podzielny na trzy zespoły: Laboratorium Ropy w Adamowie, Laboratorium Ropy w Miszewku Strzałkowskim, Laboratorium Ropy w Gdańsku.

Zakresem akredytacji nr AB 387 objęte są:

• Laboratorium Paliw Płynnych w Koluszkach,

• Laboratorium Paliw Płynnych i Ochrony Środowiska w Nowej Wsi Wielkiej,

• Laboratorium Paliw Płynnych w Boronowie,

• Laboratorium Paliw Płynnych w Rejowcu,

• Laboratorium Paliw Płynnych w Emilianowie,

• Laboratorium Paliw Płynnych w Woli Rzędzińskiej,

• Laboratorium Paliw Płynnych w Kawicach,

• Laboratorium Paliw Płynnych w Małaszewiczach,

• Laboratorium Ropy w Adamowie,

• Laboratorium Ropy w Miszewku Strzałkowskim,

• Laboratorium Ropy w Gdańsku.

Wykaz metod badawczych stosowanych do oznaczania wyżej wskazanych parametrów zawiera Zakres akredytacji nr AB 387 zamieszczony w zakładce Laboratoria/Akredytacja.